Struktur organisasi Pengadilan Agama Sei Rampah mengacu pada Undang-Undang Republik Indonesia Nomor 7 tahun 1989 tentang Peradilan Agama, PERMA No.1 Tahun 2017 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kepaniteraan Pengadilan Agama dan Pengadilan Tinggi Agama.